20世紀70年代，全美有27家流感疫苗生產廠家。1976年之後，因為疫苗的利潤本來就很低，還要冒被告的風險，一家又一家的疫苗生產廠家退出了流感疫苗生產領域，到最後只剩下3家，這3個廠家要承擔每年8千萬份流感疫苗的生產任務，而且政府不保證能夠全部被使用，多餘的由廠家包賠認倒黴。

美國政府對這種情況心知肚明，2002年，時任聯邦健康和社會服務部部長的湯米•湯普森向國會申請一億美元，在三年內改良美國的疫苗生產系統，主要用於研究藉助分子生物學技術用細胞培養方法替代雞胚。當年，國會沒批一分錢，第二年，國會只批了他所申請金額的半數，第三年，國會將一億美元如數批准，因為流感疫苗出現了短缺，引起了公眾的恐慌。

2004年流感疫苗短缺事件也體現了美國疫苗供應系統的不堪大用，FDA對疫苗的消毒要求很嚴，給藥廠造成嚴重的負擔。為了減少成本，疫苗廠商之一的凱龍公司把流感疫苗生產廠設在英國。2004年，其生產的5千萬人份疫苗中出現一種常見細菌汙染，不得不全部扔到，導致美國流感疫苗出現嚴重短缺，在民眾中引得極大的恐懼。

即使在這種情況下，美國國會對流感疫苗的研製和生產仍然不重視，而是著眼在所謂的生物恐怖威脅上，撥款56億美元建立“生物盾牌2號”，主要針對天花和炭疽，買了7500份炭疽病疫苗和8000萬份天花疫苗，這個計劃還指定特別款項為藥廠支付可能出現的訴訟費用。直到2005年10月，國會的注意力才集中在流感疫苗上。

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